Biraz geçmiş üzerinden ama sorunun asıl kaynağını merak edenler için yazıyorum. Cep telefonu ve dijital kameralar, çekilen resimlerin piksel bilgilerini değiştirmeden EXIF kısmında orieantation bilgisi ile yönünü tutuyor. Tabiki javascript, php v.s. bu bilgileri kullanmıyor, pikselleri kullanıyor. Sorunun kaynağı bu. Zamanla php, javascript güncel versiyonlarında sorun giderilir ve hatta belki giderilmiştir.
Bizim resim yüklerken yapabileceğimiz ise resmi açıp, farklı kaydetmek.