bunun birkaç nedeni vardır.
1- host firmanızla görüşün. Kullandığınız host firmanızın güvenlik açıkları var sanırım.
2- Joomla nın güncel sürümünü kullanın ( versiyon 2.5 olanlarını ). eski sürümlerde güvenlik açıkları mevcuttur.
3- sitenizde kullandığınız tema ücretli bir tema ise temayı yapan firma tarafından hacklenmiş olabilirsiniz.
çözüm ise kendi bilgisayarında yedeği varsa yeniden yükleyin dosyaları, yedeğiniz yoksa birçok host firması sitelerin yedeklerini alıyor. en son kullanılan yedeğini onlar tekrar siteye yükleyebilirler.