Dosyalarınızı apache sahiplenmiştir. Hosting firmanızla irtibata geçerek kontrol etmelerini istemelisiniz.
Bir de şunu dener misiniz.
> FTP'ye girin, silemediğiniz dosyanın CHMOD ayarını kontrol edin. Sonrasında ayarı 777 yapınız ve bu şekilde silmeyi deneyiniz.