Joomla template hazırlama hakkında kafama takılanlar

Arkadaşlar, joomlayı yeni öğreniyorum. Joomla template hazırlama hakkında kafa takılan bazı konular var yardımcı olurmusunuz...

1) Biz template hazırlarken;
<?php mosLoadModules ( 'user1' ); ?>
<?php include_once('includes/footer.php'); ?>
<?php mosMainBody(); ?>
gibi kodlarla templateimiz içerisinde sadece joomlaya ait modül ve kodlamaların pozisyonunu mu belirliyoruz ?

2) Diyelimki template'i Artisteerda hazırladım. Template hazır. Template'in uygulanacağı okul sitemde yer alacak sayfalara bağlantıları içerecek menüyü nası oluşturacağım? Oluşturmayacak, template'i uyguladıktan sorna joomla üzerinden var olan menüyü değiştireceksem;
a- İç sayfaları nasıl düzenleyeceğim ve onlara nasıl bağlantı atacağım?
b- menüyü kendi oluşturduğum resimlerle tasarlamak istersem nasıl yapacağım...
c- Ana Sayfaya okulun resimlerini içeren bir jquery galeri eklemek istersem ne yapmam lazım...

NOT: Sorularda yapmak istediklerim ileri düzey php bilgisi gerektiriyor ise... Siz nasıl yapmamı önerirsiniz.

güncel...